Ba ngành cơ sở của thực vật không có mầu xanh là vi khuẩn, nấm nhầy và nấm thật, ít có những đặc điểm chung ngoài sự dị dưỡng do chúng đều không có chất clorofin.

I.Ngành nấm thật (Eumycophyta)

Như đã biết, vi nấm gồm nấm sợi và nấm men. Nấm sợi còn gọi là nấm mốc. Sợi nấm gọi là khuẩn ti, hình ống, chứa tế bào chất đa nhân, có các vách ngăn, ở giữa có lỗ vách, giúp các tế bào liên hệ với nhau. Hầu hết nấm sợi là hiếu khí, có khả năng phân giải hầu hết các chất hữu cơ.

Người ta đã biết đến 80.000 loại nấm thật (Eumycophyta). Một số nấm là đơn bào, nhưng phần lớn chúng đều có cơ thể đa bào gồm những sợi phân nhánh được gọi là khuẩn ti. Thành ngoài của cơ thể nấm được cấu tạo từ xenlulo, từ kitin hoặc phối hợp hai chất đó. Ở một số loài, các khuẩn ti có vách ngăn chia khuẩn ti thành từng phần, mỗi phần chứa một nhân; nấm đó là nấm đa bào, nếu như giữa các nhân cạnh nhau không có vách ngăn ngang thì nấm là nấm nhiều nhân.

Tùy theo tính chất dinh dưỡng mà xếp nấm hoặc vào loại hoại sinh hoặc vào kí sinh. Chúng mọc tốt nhất ở những chỗ tối và ẩm. Một số nấm mọc trong những điều kiện hầu như bất lợi, chúng khá vững đối với sự co nguyên sinh và có thể mọc trong các dung dịch muối đậm đặc hay đường (ví dụ, trên mật).

Tùy theo cách sinh sản người ta có thể chia Eumycophyta thành bốn lớp: Zygomycetes, Ascomycetes, Basidiomycetes và Fungi imperfecti.

1. Lớp nấm Zygo-mycetes (tiếp hợp)

Zygomycetes là nấm tiếp hợp, phần lớn hoại sinh, ít khi kí sinh hoặc là nấm ăn thịt. Trong khuẩn ti của nấm này ít hay hoàn toàn không có vách ngăn ngang và những thể sợi của nó chứa nhiều nhân trong một khối tế bào chất chung. Trong lớp này cho các chi nổi bật Mucor, Rhizopus, và nấm gây ra sương bột giả và gỉ sắt trắng. Khi vứt một củ khoai ngoài vườn, mấy hôm sau thấy nấm mọc trắng xám như lông chuột, đó chính là Mucor. Một mẩu bánh mì bị mốc đen, đó là Rhizopus. Rhizopus là nấm cơ hội gây viêm phổi. Nấm tiếp hợp vừa sinh sản vô tính vừa sinh sản hữu tính, giống sự sinh sản của một số tảo.

+ Sinh sản vô tính: từ khuẩn ti khí sinh mọc lên một cái cuống, gọi là cuống mang bào tử. Trên đầu cuống hình thành một túi gọi là túi bào tử (sporangia) bên trong chứa các bào tử, gọi là bào tử túi (sporangiospores). Khi túi vỡ, bào tử được giải phóng, gặp điều kiện thuận lợi sẽ nảy mầm tạo khuẩn ti sinh dưỡng.

+ Sinh sản hữu tính: Hai sợi nấm khác giới, kí hiệu là (+) và (-) tiến sát vào nhau. Đầu mỗi sợi phình to lên tạo bào tử tiếp hợp (zygo-spore). Nhân hai giao tử kết hợp với nhau tạo hợp tử (zygote) 2n. Nhờ phân chia giảm nhiễm, từ hợp tử tạo thành cuống mang bao tử, trên đỉnh cuống hình thành túi, bên trong túi hình thành các bào tử túi (n) vô tính. Khi túi vỡ, các bào tử được giải phóng, nẩy mầm thành sợi. Sinh sản hữu tính kết thúc từ bên trong bào tử tiếp hợp.

2.Lớp nấm Asco-mycetes (nấm túi)

Ascomycetes là nấm túi (nang khuẩn) vì chúng tạo bào tử hữu tính gọi là bào tử túi (asco-spore) nằm trong túi gọi là túi bào tử (ascus, asci). Trong mỗi một túi có 2-8 bào tử. Bào tử túi nẩy mầm tạo thành sợi rồi phát triển thành hệ sợi. Nấm cũng sinh sản vô tính nhờ tạo các bào tử đính ở trên 1 cuống nên gọi là bào tử đính (condidispore). Do bào tử không nằm trong túi nên còn gọi là cuống bào tử trần.

Lớp nấm túi là lớp nấm phổ biến nhất gồm gần 35.000 loài, bao gồm nấm men, loài nấm đã gây ra bệnh giả sương mai, những nấm mốc phomat, mứt và quả cũng như các loại nấm được dùng làm thức ăn (nấm cục).

Bệnh giả sương mai do Pseudoperonospora cubensis gây ra. Khác với bệnh phấn trắng (do nấm Erysiphe cichoarcearum gây ra), bệnh giả sương mai thường phát triển và gây hại mạnh ở mặt dưới của lá. Nếu chỉ nhìn phía trên xuống chỉ thấy những đốm vàng loang lổ.

Túi bào tử của nấm Neurospora crassa có ý nghĩa quan trọng trong việc làm đối tượng nghiên cứu trong di truyền và hóa sinh học. Loại hoại sinh này mọc trên bánh ga tô, bích qui dưới dạng những khối sợi như bông, khối này ban đầu có mầu trắng, sau đó chuyển sang màu hồng do sự xuất hiện những bào tử màu hồng trong sinh sản vô tính.

Một quả chanh để lâu ngày bị mốc đen, đó là do nhiễm nấm Aspergillus niger (nigr = đen). Nhiều chủng nấm này sinh axit hữu cơ. Ví dụ: axit xitric giống như axit của quả chanh. Trên các nong tương đượm màu vàng, đó là Aspergillus oryzae (hay mốc tương). Nấm này sinh amilaza thủy phân tinh bột thành đường và proteinaza thủy phân protein thành axit amin. Nấm Aspergillus oryzae là loài mốc chính trong quá trình chế tạo tương và tương do Aspergillus oryzae lên men ngon hơn các tương khác vì loại mốc này có khả năng biến đổi tinh bột của gạo nếp thành đường làm cho tương có vị ngọt. Hai loài không độc làm tương là Aspergillus oryzae và  Aspergillus sojae có hình thái và màu sắc rất giống với 2 loài rất nguy hiểm là Aspergillus flavus và Aspergillus parasiticus sản sinh ra độc tố Aflatoxin gây bệnh ung thư.

Khi tách đôi một hạt lạc mốc, ta thấy có vệt nấm mầu xanh lục. Đó là Aspergillus flavus sinh độc tố rất nguy hiểm là Aflatoxin. Độc tố này liên kết với ADN, ức chế poolimeraza, do đó ngăn cản tổng hợp protein. Aflatoxin còn là chất gây ung thư mạnh cho nên chớ ăn lạc mốc! Khi soi kính hiển vi Aspergillus có các chuỗi bào tử đính tỏa ra trông giống như bông hoa cúc nên còn được gọi là nấm cúc. Năm 1928, Fleming phát hiện thấy một loại nấm mầu xanh nhiễm vào hộp Petri nuôi tụ cầu vàng và nó có khả năng ứng chế tụ cầu vàng. Nấm mầu xanh đó là Penicillium chrysogenum và chất ứng chế đó là penicilin. Sự kiện này là mốc son, mở ra một kỉ nguyên mới cho y học: Kỉ nguyên chất kháng sinh. Khi soi kính hiển vi thấy penicillium có dạng giống như cái chổi, nên còn gọi nấm chổi.

Trước đây các chi nấm như Aspegillus; Penicillium… hợp thành một nhóm gọi là nấm bất toàn (Fungi imperfecti). Hiện nay người ta đã ghép chúng vào lớp nấm túi.

3.Lớp nấm Basido-mycetes (nấm mũ, nấm đảm)

Bao gồm các nấm ăn được, nấm độc, nấm gỉ sắt, nấm than và nấm lỗ. Chúng có tên như thế vì sự sinh sản hữu tính của chúng liên quan với các đảm là các hình thành giống về chức phận của các túi của các nấm túi. Trong chu trình sống của đảm khuẩn không hình thành các tế bào chuyển động.

Bạn đã đi ăn lẩu nấm bao giờ chưa? Đó là một món ăn ngon gồm rất nhiều loại nấm nuôi trồng (gọi là nấm ăn) khác nhau, như nấm rơm (Volvarielle valcacea), nấm mỡ (Agaricus sp.), nấm đùi gà (Coprinus comatust), nấm kim châm (Flammulina velutipes), nấm hương (Lentunus edoles). Có nơi còn cho thêm cả mộc nhĩ hay nấm mèo (Auricularia sp.). Tại các hiệu thuốc đông y chúng ta cũng thấy họ bán các loại nấm dược liệu như nấm linh chi (Ganoderma lucidum), nấm đầu khỉ hay hầu thủ (Hericium erinaceus), nấm phục linh (Poria coscos), nấm vân chi (Coriolus versicolor).

Cơ thể dinh dưỡng của nấm mỡ (Psalliota campestris) gồm một khối khuẩn ti hình sợi phân nhánh trắng, mọc chủ yếu ở trên đất.

Nấm lỗ gây ra sự thiệt hại lớn phá hoại gỗ của cây sống cũng như các vật liệu lâm nghiệp. Ví dụ, nấm phá gỗ Hydynum septentr ionale gây bệnh cho lõi và giác của gỗ cây phong sống (Acer).

4.Lớp nấm Fungi imperfecti (Deuteromycetes)

Chi nấm Trichoderma thuộc nhóm nấm bất toàn này, khuẩn lạc của Trichoderma có màu lục (khi tăng trưởng dưới nắng mặt trời). Hầu hết các giống Trichoderma không sinh sản hữu tính mà thay vào đó là cơ chế sinh sản vô tính. Tuy nhiên, có một số giống sinh sản hữu tính đã được ghi nhận nhưng những giống này không thích hợp để sử dụng trong các phương pháp kiểm soát sinh học. Phương pháp phân loại truyền thống dựa trên sự khác nhau về hình thái chủ yếu là ở bộ phận hình thành bào tử vô tính, gần đây nhiều phương pháp phân loại dựa trên cấu trúc phân tử đã được sử dụng. Hiện nay, nấm Trichoderma được tìm thấy ít nhất 33 loài. Các nghiên cứu cho thấy nấm Trichoderma có khả năng tiêu diệt nấm Furasium solani (gây bệnh thối rễ trên cam quýt, bệnh vàng lá chết chậm trên tiêu) hay một số loại nấm gây bệnh khác như Sclerotium rolfsii, Fusarium oxysporum, Rhizoctonia solani. Công dụng thứ hai của nấm Trichoderma là khả năng phân hủy cellulose, phân giải lân (P) chậm tan. Lợi dụng đặc tính này người ta đã trộn Trichoderma vào quá trình sản xuất phân hữu cơ vi sinh để thúc đẩy quá trình phân hủy hữu cơ được nhanh chóng.

Một số nấm Fungi imperfecti gây ra các bệnh hiểm nghèo cho người. Ví dụ nấm Monilia gây bệnh họng và xoang miệng, tức là bệnh viêm miệng aphthe (aptơ). Nấm này còn gây bệnh cho màng nhầy của phổi và các cơ quan sinh dục. Các nấm thuộc họ Trichophytoneae gây bệnh ngoài da ở người và động vật, gây bệnh hắc lào (Dermatophytes), các bệnh nấm chân và da mặt.

Một số đại diện khác của Fungi imperfecti là ký sinh của thực vật bậc cao và gây bệnh cho quả và các cây trồng nông nghiệp.

Địa y (Lichenes)

Địa y là những cơ thể đa dạng. Có đến gần 10.000 loài địa y. Về hình dạng ngoài thì địa y giống như một thực vật; nhưng thật ra mỗi địa y cấu tạo từ tảo và nấm hoặc giữa nấm với vi khuẩn lam và là ví dụ cổ điển của hợp sinh, cộng sinh (mutulisme). Hợp sinh là mối quan hệ giữa 2 hay nhiều loài sinh vật mà trong đó mỗi bên đều có lợi. Quan hệ hợp sinh (hợp tác) không phải là quan hệ chặt chẽ và nhất thiết phải có đối với mỗi loài nên khi tách nhau ra (cắt đứt quan hệ) các sinh vật vẫn tồn tại và phát triển. Lục tảo hay tảo lam là thành phần kết hợp, còn nấm là nang khuẩn, trong thành phần của địa y nhiệt đới có cả đảm khuẩn nữa.

Tảo quang hợp đảm bảo chất dinh dưỡng cho cả hai bên, còn nấm thì bảo vệ tảo và cung cấp cho tảo nước và muối khoáng.

Địa y có một vai trò chủ yếu trong quá trình tạo thành đất, như là chúng hòa tan dần dần và phá hủy các lớp đá núi nơi chúng bám vào đấy. Nấm ở một số địa y có chứa các sắc tố khác nhau. Một trong số các sắc tố đó là oxein là chất được dùng để nhuộm len, chất khác là lacmut là chất dược dùng nhiều trong phòng thí nghiệm hóa học làm chất chỉ thị môi trường axit. “Rêu hươu” bắc cực là địa y.

II.Ngành nấm nhầy (Myxommycetes)

Nấm nhầy (Myxommycetes) là những cơ thể đặc biệt có nhiều tính chất giống với nấm, nhưng trong những thời kỳ rõ rệt của chu kỳ phát triển của nó thì lại giống amip. Chúng thường gặp dưới dạng khối nhầy trên các lá rụng thối rữa hay là trên những thân mục và chuyển động giống như amip, hình thành nên những chân giả… Một số Myxommycetes là thực vật ký sinh, chúng gây bệnh cây bắp cải và được gọi là bệnh sưng cổ rễ bắp cải (Plasmodiophora brassicae).

Trong chừng mực nào đấy ở nấm nhầy có điểm chung với động vật như là amip và trùng roi, từ đấy nảy ra vấn đề là xếp chúng vào động vật hay thực vật. Có thể rằng chúng phát sinh từ trùng roi, tuy nhiên sự hình thành nên quả thể là đặc trưng của các nấm khác và vì thế chúng thường được xem là thực vật.